L'autisme i la psicosi poden coexistir, encara que són trastorns diferents. Els símptomes psicòtics clàssics inclouen al·lucinacions, deliris i pensaments desorganitzats, que no formen part del diagnòstic base de l'autisme. Encara que l'expressió clínica pot fer difícil distingir alguns símptomes en les persones autistes, especialment quan hi ha conductes atípiques, els símptomes psicòtics solen implicar una pèrdua del contacte amb la realitat, que no ocorre en l'autisme típic.

Algunes conductes repetitives o creences rígides de l'autisme poden semblar deliris, però no ho són. L'ansietat i l'estrès elevats poden induir símptomes similars als psicòtics (com a idees paranoides lleus), sense ser una psicosi plena. També, a vegades, les hipersensibilitats pròpies es poden confondre amb al·lucinacions que dificulten el diagnòstic; i les diferències en la comunicació d'algunes persones autistes pot també confondre's amb els símptomes negatius de la psicosi (aplanament, torpor...). Així doncs, les característiques pròpies de la persona, com el nivell de comunicació, el llenguatge o el insight dels símptomes poden dificultar el diagnòstic i generar confusió.

D'altra banda, hi ha diversos estudis que indiquen que les persones amb autisme tenen un risc més elevat de desenvolupar trastorns psicòtics com l'esquizofrènia, en comparació amb la població general, i podria estar relacionat amb els nivells d'ansietat que acostumen a tenir, així com en algunes diferències en el neurodesenvolupament.

Davant del dubte, és important fer un diagnòstic diferencial, observar amb deteniment la persona (a vegades cal fer una observació longitudinal) i establir l'inici i els patrons dels símptomes per oferir la intervenció i el tractament més adequats.